海洋生命・分子工学実験 II
(-1) 練習問題
みんなのデータ
はじめに
「専門海洋生命・分子工学基礎実験」 や，その他の授業で学んだことを思い出して，実践に
活かしてみましょう。最初だから 4〜5 人一組のグループで実験をします。
各グループに，2 種類のプラスミド （A と B） のどちらか 1 つを渡します （どちらかは教えてあげない）。
プラスミドのマップは下図のとおりです。制限酵素 （ApaI，SalI，SpeI） の認識配列を書き込んで
あります。数字は，制限酵素で切ったときの各断片の長さ （kb） です。また，このプラスミドの配列に
対して，計 5 つの PCR 用プライマーが用意されています。
察しのいい人は，もうわかったと思いますが，赤い部分の方向が，グレーの部分の方向に対して
反対になっているのですね。。。
課題
（1） 各グループで，手渡されるプラスミドが A か B かを判定する方法を考えてください。
具体的な実験の手順までは決めなくて構いません。方法と原理 （どうして判別できるのか）
を説明してください。
グループで相談して方法を決めたら，グループ全員揃って藤原のところへ来てください。
誰か一人に方法を説明してもらいます。誰に説明してもらうかは，その場で藤原が決めます。
誰が指名されてもいいように，全員が方法と原理をしっかり頭に入れておいてください。
この課題に関してだけは，グループに点数をあげます。
（2） 正しい方法 （いくつかあります） をきちんと説明できたら，その方法で，実際にプラスミド
が A か B かを調べてもらいます。プロトコル （実際の手順） については，藤原が教えて
あげます。
藤原担当の実習の初日に，早速その実験をしてもらいます。
参考にすべきこと
（1） 制限酵素については， こちらのページ を参照。制限酵素の反応液を作るときには
塩濃度に注意しなければいけません。塩濃度が高すぎたり低すぎたりすると，本来切れる
はずの配列が切れなかったり，本来切れないはずの配列が切れてしまったりします。
最適の塩濃度は，酵素によって異なります。今回，みんなが使える酵素は ApaI，SalI，SpeI
です。各酵素の最適条件を NEB という会社のサイト （こちら） で見てみましょう。
簡単に言うと，制限酵素処理用の 10 倍濃度反応液が NEBuffer 1〜4 の 4 種類 （プラス
特別な酵素専用の反応液がいくつか）。表では，それぞれの NEBuffer で特定の酵素を
反応させたときに，最適な反応液での活性と比べて何パーセントの活性を発揮するかを
示した表です。二つ以上の酵素の最適条件が同じならば，同じ反応液で同時にそれらの
酵素を使うことができます。
（2） PCR については，「専門海洋生命・分子工学基礎実験」 の生化学研究室担当の実習の
テキスト，あるいは湯浅先生担当の 「生物学概論 II」 を思い出してください。
また，この実習のテキストにも PCR の説明があります （こちら）。
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