似たような機能を持つタンパク質は
似たような構造をしている
例） ホヤのレチノイン酸受容体の DNA 結合ドメインのアミノ酸配列は
CFVCGDKSSGYHYGVASCEGCKGFFRRSVQKNMQYTCHRNKNCVINKSTRSRCQYCRLQKCFQVGM
これを、サカナ、カエル、ヒトのレチノイン酸受容体の DNA 結合ドメインと重ね合わせた
のが下の図（alignment という）です。
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ホヤ：CFVCGDKSSGYHYGVASCEGCKGFFRRSVQKNMQYTCHRNKNCVINKSTRSRCQYCRLQKCFQVGM
サカナ：CFVCQDKSSGYHYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCQINKVTRNRCQYCRLQKCFQVGM
カエル：CFVCNDKSSGYHYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCQINKVTRNRCQFCRLQKCFQVGM
ヒト：CFVCNDKSSGYHYGVSSCEGCKGFFRRSIQKNMVYTCHRDKNCIINKVTRNRCQYCRLQKCFQVGM
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アミノ酸配列の上の（*）印は、全ての配列で保存されたアミノ酸です。この部分は、指の
ような構造を作って DNA に結合します。アミノ酸配列の下の （!） 印のシステイン（C）は、
その指の付け根にあたり、指の構造を作るために必要です。言い換えれば、たとえ
どんなにアミノ酸配列がよく似ていても、印を付けたシステインが保存されていなければ
DNA に結合するという機能を持つかどうかは疑わしいということになるわけです。