2008年現在、高知県で絶滅の恐れのある生物は842種おり、特にその中の216種は絶滅の危険性がより高いとされています。

干潟だけで見ても、トビハゼ、イドミミズハゼ、チワラスボ、ヒモハゼなどの魚類やシオマネキ、ムツハアリアケガニ、マメコブシガニなどの甲殻類、また、カワアイ、ヘナタリ、ナラビオカミミガイなどの貝類など合わせて約20種の生物の絶滅が心配されています。特に、シオマネキ、トビハゼ、イドミミズハゼに関しては採集が禁止されています（高知県希少野生動植物保護条例）。

ただし、これらの生物だけが貴重なのではなく、これまでに紹介した様々な生物たちが住むことのできる干潟自体が大切な自然です。